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什么是基因的共表达
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更新时间:2024-04-20
问题描述:

什么是基因的共表达

方高林回答:
  基因表达谱分析所采用的常用方法是聚类,其目的就是将基因分组。从数学的角度,聚类得到的基因分组,一般是组内各成员在数学特征上彼此相似,但与其它组中的成员不同。从生物学的角度,聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是,组内基因的表达谱相似,它们可能有相似的功能。然而,产物有相同功能的编码基因(例如对其它蛋白质有磷酸化作用),不一定共享相似的转录模式。相反,有不同功能的基因可能因为巧合或随机扰动而有相似的表达谱。尽管有许多意外的情况存在,大量功能相关的基因的确在相关的一组条件下有非常相似的表达谱,特别是被共同的转录因子共调控的基因,或者产物构成同一个蛋白复合体,或者参与相同的调控路径。因此,在具体的应用中,可以根据对相似表达谱的基因进行聚类,从而指派未知基因的功能。   聚类分析是模式识别和数据挖掘中普遍使用的一种方法,是基于数据的知识发现的有效方法,特别适用于模式分类数不知道的情况。聚类分析是一种无监督学习方法,不需要任何先验领域知识,它根据数学特征提取分类标准,对数据进行分类,这种数学特征的例子有统计平均值、相关系数、协方差矩阵的本征值及本征向量等。聚类分析在基因表达数据分析中应用得很多,主要有层次聚类、K均值、自组织特征映射网络等。本节将介绍基因表达数据分析中常用的聚类方法及与此相关的内容。
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